Юрій Михайлович — автор шістнадцяти повістей, низки новел (близько сорока) з життя молоді, геологів, на історичну тематику, автор п'ятьох романів та сімдесяти есеїв-портретів.
Окремими книжками побачили світ:
* «Вісім місяців — лише мить» (1967),
* «Дзвонити тричі» (1971),
* «Давні мелодії» (1971),
* «Дивний камінь» (1976),
* «Шість балів за впертість» (1982),
* «Гонитва до мосту» («Скіфи», 1983, у співавторстві з Володимиром Жмирем),
* «Ярмарок у Дрогобичі» (1984),
* «Глаза в зеркале» (Москва, 1984, переклади на російську повістей та оповідань Хорунжого),
* «Літа надій» (1986),
* «Борвій» (1987),
* «Коли промовляють фальконети» (1988),
* «Чуєш, брате мій» (1989),
* «Таємна грамота» (1990),
* «Серця міддю не окути» (1990),
* «Людям мила» (1993),
* «Злет і заземлення Григорія Полетики» (1994),
* «Сага про Ярославових доньок» (1997, у співавторстві з Юрієм Якимівим),
* «Українські меценати. Доброчинність — наша риса» (2001),
* «Вірую» (2001, 2009)
* «Микола Плав'юк. Україна-життя моє. Т. 1. Від селянського сина — до державника» (у співавторстві з Віктором Тереном, 2002),
* «Шляхетні українки» (2003),
* «Любов маєш — маєш згоду» (2003),
* «Мужі чину» (2005),
* «Садовський садить сад- з Марією і без» (2005).
Крім того, він один з авторів кількох десятків гуртових книжок і збірників або автор передмов до них, зокрема і виданого в Москві збірника «Приключения-79» (1979), де вміщено його з В. Жмирем переклад з української спільної історичної повісті «Скифы», до речі, першого в світі художнього прозового твору на цю тему, нещодавно за чиєюсь ініціативою повість «Скіфи» заведено в Інтернет.
Частину художніх творів і літературознавчих та публіцистичних статей Хорунжого перекладено на англійську і російську мови.
У періодичній пресі надрукував понад 400 статей, досліджень про життя і творчість видатних діячів культури і науки та української історії, зокрема репресованих, рецензії на книжки інших авторів, кілька наукових і науково-популярних статей із геофізичної науки та екологічних проблем.
Упорядкував і підготував до друку десять художніх і документальних книжок інших авторів:
* «Дерево пам'яті», вип. З, 1991; вип. 2, співупорядник з Валерієм Шевчуком, 1992;
* «Опера СВУ — музика ГПУ», 1992;
* «Валерій Марченко. Листи до матері з неволі», співупорядник із Ніною Марченко-Смужаницею, 1994;
* «Марія», 1999;
* «Людмила Старицька-Черняхівська. Вибрані твори», вступна стаття, примітки, 2000;
* «Володимир Косовський. Дума денна й нічна», 2001;
* «10 років роботи комісії Київради з питань поновлення прав реабілітованих», 2001;
* «Василь Гурдзан. Публіцистика», 2001;
* «Співець душі народної» (співупорядник з Л. Пархоменко і Т. Неліною), 2003.
У 1991—2007 роках на громадських засадах редагував журнал «Зона» — видання Всеукраїнського товариства колишніх політичних в'язнів і репресованих.
